Beberapa penyebab ajaran-ajaran sesat di dalam gereja, antara lain:

Sebagai reaksi terhadap gereja resmi (aliran utama). Para pencetus dan penganut ajaran-ajaran yang kemudian orang Kristen sebut sesat, umumnya diawali dengan kekecewaan terhadap gereja-gereja resmi (gereja arus utama) yang semakin melembaga, semakin baku dan kaku, yang biasanya diikuti dengan ajarannya yang cenderung menekankan intelektualitas. Para penganut aliran ini ingin kembali pada kehangatan persaudaraan, pengalaman rohani, dan persekutuan langsung dengan Allah, kesederhanaan pemahaman atas Alkitab, serta penerapan ajaran Alkitab yang langsung aplikatif dalam kehidupan sehari-hari. Penekanan terhadap doktrin tertentu. Alkitab sangat kaya dengan berbagai ajaran untuk pedoman iman dan kehidupan ini. Para penganut ajaran sesat biasanya memberi tekanan khusus pada satu atau dua ajaran Alkitab, lalu diinterpretasikan sedemikian rupa dan ditambah dengan ajaran-ajaran pemimpinnya sehingga menjadi satu doktrin utama dalam aliran itu. Pengaruh ajaran yang tidak Alkitabiah (pola pikir di luar Alkitab/pemahaman Alkitab yang salah). Bersamaan dengan perkembangan ilmu pemikiran (sosial, sains, komunikasi, dll. yang sudah diawali pada abad 17 dan 18) berbagai fenomena pemikiran serta pemahaman saling bersentuhan dan mempengaruhi. Dalam abad ke-20 yang baru lalu ini, misalnya, munculnya gerakan karismatik (dalam konotasi ekses negatifnya) bertemu dengan ajaran kemakmuran dan hidup sukses (bukan teologi sukses, sebab ajaran tersebut bukan teologi), serta pola bisnis "pasar bebas" menghasilkan menjamurnya penyelenggaraan kebaktian-kebaktian di kota-kota besar. Seperti halnya pola bisnis pasar bebas, mereka tanpa risih membuka kebaktian di samping gereja yang sudah ada. Bahkan, ada satu gedung dengan dua merek gereja yang satu sinode. Maka, yang berlaku adalah hukum rimba: yang kuat yang menang (kuat modal, kuat suara, dan kuat ndablegnya).